بخش گیاهان این موزه شامل داروهای گیاهی ،دانه ها وگیاهان فیکس شده و گلدانی می باشد.مجموع بخش گیاهان ،شامل250 نمونه می باشد.

گیاهان این بخش مربوط به منطقه  بهاباد وبیش از پنجاه درصد از دانه ها وداروهای گیاهی نیز جزء فلور (گیاهان) منطقه می باشد.

نمونه های مختلف بی مهرگان ،شامل اسفنجها ،کیسه تنان ،خارپوستان ،نرمتنان ،بندپایان می باشد.تعداد بی مهرگان این موزه 270 نمونه می باشد.

شایان ذکر است اکثر صدفهای این بخش مربوط به آبهای دریا ها واقیانوسهای مختلف دنیاست.

نمونه شاخص این سالن خرچنگ نعل اسبی است .شایان ذکر است در راهروی مقابل این سالن تعداد دیگری از نمونه های مختلف بی مهرگان به نمایش در آمده است.

در این بخش ،انواع سنگ،فسیل ومینرال در معرض نمایش گذاشته شده است.تعداد نمونه های این بخش بیش از 320 قطعه با ارزش می باشد.

به اذعان کارشناسان موزه علوم طبیعی بهاباد در بعد سنگ ،فسیل ومینرال موزه برتر کشور محسوب می شود.

عامل مهم مطرح بودن این موزه در این بخش ،تنوع بالای مینرالهای کمیاب معادن کشور می باشد،که جذابیت خاصی به سالن سنگ وفسیل این موزه داده است

نمونه های مختلف پرندگان که اکثر آنها غیر بومی و یا از نوع مهاجر می باشند ،وتعدادی از خزندگان در این سالن به نمایش درآمده است.

از شاخصه های این سالن تنوع پرندگان و جفت بودن نمونه ها می باشد. تعداد جانوران این سالن بالغ بر90 نمونه می باشد.

شایان ذکر است تعداد 25 نمونه پرنده در مقابل سالن میکروسکوپیک به نمایش گذاشته شده است.

این سالن شامل ،ماهیان شمال (آکواریوم های با نوار مشکی) ،ماهیان آبهای داخلی (آکواریوم های با نوارنقره ای) و اورنومنتال (تزیینی وارداتی) (آکواریوم های با نوار سبز) می باشد. تعداد ماهیان،148 نمونه می باشد. این موزه در بخش آبزیان یکی از موزه های غنی کشور محسوب می باشد.به طوری که در بخش آبزیان شمال ، موزه دوم کشور محسوب می شود.موزه علوم طبیعی بهاباد توانسته است بیش از 95 درصد آبزیان شمال را گردآوری نموده و به شکل فیکس شده در معرض نمایش بگذارد

در این بخش  تصاویر زیبای دنیای میکروسکوپی ولامهای میکروسکوپی ارزشمند و در عین حال جذاب در معرض دید علاقمندان قرار داده شده است.

در این بخش نمونه های مختلف مهره دارن  به نمایش گذاشته شده است. نمونه هایی که اغلب بومی منطقه می باشند درمجموعه ویترینهای شماره یک و بقیه نمونه ها در ویترینهای دیگر به نمایش در آمده اند.

همچنین مجموعه ای از آبزیان کم نظیر جنوب نیز به شکل تاکسی درمی شده( خشک شده) به این سالن زیبایی وتنوع خاصی بخشیده اند. مجموعه مهره داران این سالن بالغ بر 170 نمونه می باشد.

این سالن شامل ماهیان جنوب(آکواریوم های با نوار آبی) می باشد.وشامل انواع کوسه ماهیها به شکل تاکسی درمی شده وانواع دیگر ابزیان خلیج فارس به شکل فیکس شده در مایع فرمالین می باشد.در این سالن نمونه ها بر اساس خانواده طبقه بندی شده اند.

تعداد نمونه های این سالن 245 عدد می باشد که از لحاظ تنوع این موزه را در رده موزه های قابل توجه مطرح نموده است.

دلفین وکوسه دم دراز از نمونه های شاخص این سالن می باشد.